先天畸形的治療方法從大方向來說主要有兩種，一種是在孕期就對子宮里的寶寶進行治療，另一種是出生之后再進行的治療。

1.宮內治療

胎兒鏡手術主要應用于治療雙胎輸血綜合征或減胎術，用于治療胎兒膈疝、腦脊膜膨出、泌尿道梗阻等。

2.產后治療

如腦積水的腦室分流手術、唇腭裂的修補術、先天性心臟病的手術治療、苯丙酮尿癥的藥物治療等。

其實多數非致死性畸形不需要在孕期進行外科干預，如先天性心臟病等，可在出生后進行手術治療，但部分先天畸形可能影響胎兒的宮內安危，需要在孕期進行干預，由于手術風險大、技術要求高，目前多數胎兒宮內治療尚處于試驗性階段。