新生兒敗血病的癥狀因病菌的種類、數量、毒力、小孩的抵抗能力不同而有差異。常見者有金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、肺炎鏈球菌、大腸桿菌、腦膜炎雙球菌、綠膿桿菌、變形桿菌、沙門菌屬、克雷白菌屬等引起的。近年來致病菌種已發生變化，由革蘭陽性球菌引起的敗血癥有所下降，而革蘭陰性桿菌、厭氧菌和真菌所致者逐年上升，這與血管插管、體內異物置人等醫學新技術的開展和抗生素的過度應用有一定關系。

新生兒敗血癥的早期臨床表現常不典型，早產兒尤其如此。表現為進奶量減少或拒乳，溢乳、嗜睡或煩躁不安、哭聲低、發熱或體溫不升，也可表現為體溫正常、反應低下、面色蒼白或灰暗、神萎、體重不增等非特異性癥狀。具體癥狀如下：

1、感染中毒癥狀。大多起病急驟，先是畏寒怕冷，然后突然高熱，熱型不定，弛張熱或稽留熱；體弱、重癥營養不良和小嬰兒可無發熱，甚至體溫低于正常。另外，四肢末梢厥冷，呼吸急促，心率加快，血壓下降，嬰幼兒還可出現黃疸。

2、皮膚損傷。部分患兒可見各種皮膚損傷，以瘀點、瘀斑、猩紅熱樣皮疹、尊麻疹樣皮疹常見。腦膜炎雙球菌敗血癥可見大小不等的瘀點或瘀斑；猩紅熱樣皮疹常見于鏈球菌、金黃色葡萄球菌敗血癥。

3、胃腸道癥狀。常有嘔吐、腹瀉、腹痛，甚至嘔血、便血；嚴重者可出現中毒性腸麻痹或脫水、酸中毒。

4、關節癥狀。部分患兒可有關節腫痛、活動障礙或關節腔積液，多見于大關節。

5、肝脾腫大。以嬰、幼兒多見，輕度或中度腫大；部分患兒可并發中毒性肝炎；金葡菌遷徙性損害引起肝臟膿腫時，肝臟壓痛明顯。

6、其他癥狀。重癥患兒常伴有心肌炎、心力衰竭、意識模糊、嗜睡、昏迷、少尿或無尿等實質器官受累癥狀。金黃色葡萄球菌敗血癥常見多處遷徙性病灶；革蘭陰性菌敗血癥常并發休克和DIC。瘀點、瘀斑、膿液、腦脊液、胸腹水等亦可直接涂片、鏡檢找細菌。