對于腸道菌群失調(diào)的治療是很多人比較關(guān)心的。關(guān)于疾病的治療，不同的發(fā)病種類在治療的方式也是不一樣的。不過總是會有以下的幾種方式：

1、全身支持治療

對于接受大手術(shù)的患者，術(shù)前應(yīng)注意營養(yǎng)補充劑，還應(yīng)肌注丙種球蛋白以改善機體的免疫功能。您也可以嘗試注射轉(zhuǎn)移因子、免疫RNA、胸腺素等。也可以使用白細(xì)胞介素-2。

2、病因治療

如由于赫爾希氏病、腸球菌由于過度擴散引起膽囊炎;由腸球菌減少或消失引起的維生素缺乏癥;過度酵母引起的腸道過度運動等，必須首先清除病因，然后支持正常的菌群。

3、調(diào)整細(xì)菌療法

（1）發(fā)酵性腹瀉的飲食調(diào)整應(yīng)限制碳水化合物;變質(zhì)性腹瀉應(yīng)該限制蛋白質(zhì)的攝入量。增強腸粘膜的局部防御屏障功能，防止細(xì)菌移位，增加纖維食物。

（2）抗菌藥物立即停止使用原有的抗生素。根據(jù)菌群分析和抗菌藥物敏感性試驗，應(yīng)選擇合適的抗生素，并應(yīng)使用抑制過度增殖的細(xì)菌間接支持無意中繁殖腸道的細(xì)菌。此外，廣譜抗生素可用于破壞腸道中的大部分細(xì)菌，然后接種到正常腸道菌群的細(xì)菌中以恢復(fù)它們。

（3）益生菌目前使用的益生菌包括嗜酸乳桿菌、保加利亞乳桿菌、乳酸乳球菌、乳酸桿菌、雙歧桿菌、糞鏈球菌、大腸桿菌、芽孢桿菌和枯草芽孢桿菌。使用正常人糞便懸浮液作為用于治療由艱難梭菌引起的假膜性結(jié)腸炎的復(fù)合活細(xì)菌制劑已經(jīng)獲得了良好的結(jié)果。