西醫西藥對非淋菌性尿道炎的初發階段及未出現耐藥菌株的情況下的治療還是有一定療效的，但隨著耐藥菌株的出現，及對于部分尿道炎癥狀持續不退，或并發前列腺炎，附睪炎，宮頸炎等合并癥的患者，療效則不甚滿意。

有些不負責任的醫院采用增加藥量及很多種西藥聯合使用，超時限用藥，毒副作用太大，肝臟、腎臟的負擔過大，使肝、腎功能下降，人體免疫力也隨之下降，人體免疫力下降又使病情加重或有并發感染，形成惡性循環，久治不愈，或越治越重。

反復大量使用廣譜抗生素導致體內菌群失調，免疫力下降，使原本不致病的病原體，真菌，微生物大量繁殖，成為誘發新的感染或加重原有感染的根源。如非淋患者大量使用抗生素后誘發霉菌性陰道炎或霉菌性龜頭炎等。

臨床上，治療非淋菌性尿道炎，對于發病初期，尿道分泌物較多，尿急，尿痛等癥狀較明顯的，在服用或注射敏感抗生素(先做藥敏試驗，以便準確用藥)的同時，可輔以大復方中藥內服，可以縮短治療時間，提高治療效果，以期徹底治愈。對于慢性非淋菌性尿道炎患者(病程3周以上)及尿道炎癥狀持續不退，查菌陰性或并發前列腺炎，附睪炎，輸精管炎，宮頸炎，宮頸糜爛，子宮內膜炎等并發癥的患者，西藥治療難以收效時，可用大復方中藥輔助治療，適當延長療程，以求達到康復的目的。