治療前盡可能明確診斷，并考慮患者年齡，對生育要求、病情嚴重程度、癥狀及病灶范圍，加以全面考慮。

根據目前公認的病因，注意下列幾點，可能預防子宮內膜異位癥的發生。

1、避免在臨近月經期進行不必要的、重復的或過于粗暴的婦科雙合診，以免將子宮內膜擠入輸卵管，引起腹腔種植。

2、婦科手術盡量避免接近經期施行。必須進行時，術中操作要輕柔，避免用力擠壓宮體，否則有可能將內膜擠入輸卵管、腹腔。

3、及時矯正過度后屈子宮及宮頸管狹窄，使經血引流通暢，避免淤滯，引起倒流。

4、嚴格掌握輸卵管通暢試驗（通氣、通液）及造影的操作規程，不可在月經剛干凈或直接在刮宮這一周期進行，以免將內膜碎片經輸卵管壓入腹腔。

5、剖宮產及剖宮取胎術中應注意防止宮腔內容溢入腹腔，在縫合子宮切口時，勿使縫線穿過子宮內膜層，縫合腹壁切口前應用生理鹽水沖洗，以防內膜種植。

由于原因是多方面的，上述的預防意見也僅對少數情況適用，經血倒流本身是否致成子宮內膜異位癥尚有爭議。