熟決明子由于其藥性寒涼，有泄瀉和降血壓的作用，而不適合脾胃虛寒、脾虛泄瀉及低血壓等患者服用。為驗證決明子的副作用，有科學實驗顯示：在營養完全的食物中加入不同比例的決明子，隨藥物比例增加而使大鼠體重降低，臨床使用本品口服降血脂，服藥后有9%的病例，初期有腹脹、腹瀉和惡心，但可自行消失，不影響繼續服藥。

決明子是一味中草藥材，是藥三分毒。決明子性微寒，對于體質較為虛弱或服用過量的人來說容易導致拉肚子、腹瀉，再者胃痛的人也是不宜飲用此茶。對于慣性便秘和高血壓的人來說決明子茶可以作為平常茶水飲用，而腸道消化功能疲弱者卻要加以注意不可久服。

值得注意的是：有泄瀉癥狀或者低血壓者慎用決明子的制劑。因為熟決明子其“主渲瀉”的副作用，懷孕女性也一定注意對決明子的服用。最新研究發現，如果長期飲用，癥狀輕引發月經不規律，嚴重的甚至會使子宮內膜不正常，從而誘發早產。孕婦和經期中的女性不宜服用決明子茶。