轉基因與非轉基因大豆油的區別主要是原料，一個是用了轉基因的大豆，另一個是用了常規種植的大豆。轉基因大豆最顯著的一個特點就是可以抵抗殺草劑——草甘膦。草甘膦會把普通大豆植株和雜草一起殺死，但是卻不能殺死轉基因大豆植株。非轉基因大豆是通過自然界的優勝略汰選擇基因的變化而存在下來的。

除了上面所說的，其實它們的區別不大。這兩種大豆油的味道是差不多的。即使是原料不同，但是由于在壓榨的過程中只保留下大豆的油脂，其他成分（如DNA和蛋白質）都幾乎被去除了。所以，這兩種油的化學成分也是差不多的。