目前有兩種第二孕期的實施方式，一種是以傳統的兩種指標進行檢驗，母親年齡34歲以上就會采取血清篩檢，準確度大約45%，進行完此項后若是合并實施羊膜穿刺，準確度則可達99%以上。第二種則是在2008年引起的4種指標，分別是檢驗母親血清絨毛性腺激素、雌三醇、胎兒甲型蛋白、與抑制素，根據國外的報告，可篩檢出80%的唐氏癥、95%的三染色體18(第18對染色體異常)與95%的脊柱裂。

　　兩種孕期篩檢的差異

　　第一孕期和第二孕期的唐氏癥篩檢，最大差異除了時間上的不同之外，第一孕期篩檢后3天就可得知報告，若是風險超過標準值，可盡速進行絨毛膜取樣，以確認懷有唐氏兒的可能性，也才能及早決定終止妊娠；而第二孕期則須等待兩周才能獲取結果，再加上進行羊膜穿刺的時間，若是要終止妊娠，胎兒可能已接近24周，蕭慶華醫師表示，胎兒較大才決定終止妊娠顯得較為殘忍。此外，第一孕期是綜合超音波和抽血檢驗，準確度較高，第二孕期則是針對34歲以上的高齡產婦進行的抽血檢驗。

　　絨毛膜取樣術

　　進行時間：10～11周

　　進行方式

　　絨毛膜取樣進行的時間較羊膜穿刺早，若母體血清經檢驗后，風險偏高，就會進行此項檢查，以確認胎兒染色體異常的可能性。絨毛是組成胎盤的最小單位，和胎兒有相同的染色體，因此可抽取絨毛膜細胞進行檢驗，通常適用于有任何染色體遺傳疾病帶因者。進行絨毛膜取樣時，會將一根細長針穿入胎盤組織內，抽取少量的絨毛，以進行染色體、基因的分析。

　　絨毛采樣可檢查的疾病項目和羊膜穿刺類似，但絨毛和胎兒有相同細胞，因此不需再經過培養的步驟，其染色體及基因數便已足夠。蕭慶華醫師表示，某些疾病的診斷需要多量的DNA，如甲型海洋性貧血，絨毛膜取樣因細胞數目足夠可篩檢出較多的異常項目。

　　適用于高危險群

　　蕭慶華醫師表示，通常進行絨毛膜取樣者是經第一孕期篩檢后為高危險群者，意即后頸部透明帶太厚或超音波即發現胎兒結構異常者，或高齡產婦擔心胎兒可能異常、前次懷孕有過染色體異常者，亦或是夫妻兩人有一人有染色體異常者。蕭慶華醫師表示，若是絨毛膜取樣術早于懷孕10周前實施，會有些許胎兒肢體異常現象，為了避免此風險，會在11周后才實施絨毛膜取樣術。但若絨毛膜取樣結果為正常，也不百分百代表會生出健康的胎兒，因人類肢體先天的缺陷占了約2～3%，這部分則不在絨毛膜取樣術的檢驗之內。

　　羊膜穿刺術

　　進行時間：14～20周

　　進行方式

　　羊膜穿刺術是在超音波的導引下，將一根細長針穿過孕婦肚皮，經過子宮壁，進入羊水腔，抽取羊水進行分析檢驗。曾茂榮醫師表示，羊水中會有胎兒掉落的細胞，便可從這些細胞進行檢驗分析，以確認胎兒的染色體細胞組成是否有問題。羊膜穿刺主要能檢驗出唐氏癥，而一些基因疾病也可透過檢驗羊水細胞內的基因得到診斷，像是乙型海洋性貧血、血友病等。一般進行羊膜穿刺的最佳時間是14～20周，抽取出來的細胞必須經過培養，使其分裂到足夠的數量才能進行檢驗分析，因此羊膜穿刺的檢驗報告約需等待2周。若小于14周進行羊膜穿刺術，羊水較少會提高風險；而若是超過20周，等檢驗報告出來時，胎兒已經太大，若決定要終止妊娠會有較多疑慮。

　　無法檢出非染色體引起的疾病

　　此外，和絨毛膜取樣一樣，羊膜穿刺檢驗報告正常，僅代表染色體沒有異常，尚不能排除其它非染色體引起的疾病，像是先天性心臟病、智力障礙或唇顎裂，以及其它因為基因所引起的問題，也就是說，即使染色體檢驗正常，仍約有2%的寶寶在出生時發現異常。

　　一般建議進行羊膜穿刺術者為年齡34歲以上的高齡產婦、前胎曾是染色體異常胎兒者，夫妻其中一人有染色體異常者，或是過去曾經流產過的孕婦。